Uppsala har sedan 1100-talet varit ett centrum för handel, religion och utbildning i Sverige. Vid stadens grundande nådde Mälaren till Uppsala genom en vik och var då en viktig handelsplats. Efter landhöjningen försvann viken och idag rinner Fyrisån genom staden.

Under vikingatiden var Uppsala en viktig kultplats inom asatron. Kristendomen fick sitt första riktiga svenska fäste i Uppsala när makten i staden konverterade från asatron och har varit ärkebiskopssäte sedan 1164.

Nordens första universitet grundades i Uppsala år 1477. Där har en stor del av den historiska vetenskapseliten av den moderna forskningen utbildats och verkat, som till exempel Berzelius, Celsius, och Linné.

Stockholm har varit Sveriges ekonomiska centrum sedan 1200-talet. Stadens historia innan dess är något dunkel, då det finns få skriftliga källor bevarade.

Man anger gärna Birger Jarl som grundare för Stockholm. Platsen för staden är dock ett naturligt ställe att bedriva handel ifrån, mitt emellan Mälaren och Saltsjön, då det var vattenlederna som var framkomliga. Därför tror man att det bott människor här under en mycket lång tid.

Namnet Stockholm kommer troligtvis från den stockbarriär man lade på 1000-talet som en befästning och lås in mot Mälaren. Området fick då namnet Stockholm(en) och Stocksund, och båda namnen finns kvar än idag.

Birka på ön Björkö i Mälaren grundades på 750-talet och kallas ibland för Sveriges första riktiga stad. Det var en viktig handelsplats för vikingarna och som mest lär det ha bott 700 personer här. Hit kom handelsmän från när och fjärran för att bedriva handel.

År 829 kom den kristne missionären Ansgar till Birka och skapade en kristen församling. Han lär ha varit den förste kristne missionären i Sverige och anses vara den som grundade den kristna läran i landet.

Birka övergavs på 900-talet, troligtvis på grund av landhöjningen som försvårade framfarten med båtarna. Idag är Birka ett levande museum.

Mälaren är Sveriges tredje största sjö och består av vikar, fjärdar och en skärgård med 7500 öar. Den påminner mer om Östersjön än en ren insjö.

Fram till 1200-talet var Mälaren en vik till Östersjön, men landhöjningen och människans intervention omskapade den till en insjö. Utloppet är reglerat och sker vid Stadsholmen i Stockholm. Vattnet i Mälaren är i genomsnitt knappt en meter över Östersjöns vattenstånd, men kan sjunka till en lägre nivå. Utan fördämningar skulle bräckt vatten kunna forsa in i Mälaren.

Mälaren är vattentäckt för Stockholmsområdet och Mälardalen. Över 1,3 miljoner människor får sitt dricksvatten från sjön.