Efter krigets utbrott 1939 påbörjade Schweiz en mobilisering för att kunna möta en eventuell invasion. Landet mobiliserades rekordsnabbt och hade en armé på 500.000 man (inräknat milistrupper). Planen var att vid ett angrepp dra sig tillbaka till Alperna och bedriva ett utdraget försvarskrig, vilket skulle göra en invasion alltför kostsam för angriparen.
Under Tysklands invasion av Frankrike 1940 så flög tyska flygplan ofta över Schweiz. Under maj-juni sköt Schweiziska flygvapnet ned 11 tyska flygplan – majoriteten av dessa med hjälp av stridsflyg inköpta från just Tyskland!
Under sensommaren 1940 fanns en tysk invasionsplan för Schweiz (“Operation Tannenbaum”), vilken dock aldrig genomfördes. Under krigsslutet, 1944-1945, bombade amerikanskt flyg vid flera tillfällen av misstag Schweiziska städer.